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In uno studio del 1959, culminato in una pubblicazione intitolata Neutrini elettronici e muonici, Bruno è il primo a ipotizzare e a dimostrare, per via teorica, che esistono diversi tipi di neutrini, associati ai leptoni carichi (elettroni e muoni, non era ancora conosciuta la particella tau) le cui differenti proprietà sono rilevabili. Questo lavoro è particolarmente importante perché, secondo lo stesso Pontecorvo, «segna l'inizio della fisica dei neutrini ad alta energia». L'Urss non dispone dell'acceleratore adatto per provare l'ipotesi di Pontecorvo. Però pochi anni dopo, all'inizio degli anni '60, tre fisici americani – Leon Ledermann, Melvin Schwartz e Jack Steinberger – dimostreranno che Pontecorvo aveva ragione. I tre ottengono il Nobel. A molti sembra strano che il premio non sia conferito anche al fisico teorico che ha effettuato la previsione.
2. I neutrini solari
Pontecorvo, sia come fisico teorico che come fisico sperimentale, ha partecipato a tutte le tappe (e spesso le ha anticipate) del problema noto come «enigma dei neutrini solari». Ha messo a punto i sistemi di rilevamento con cui i neutrini solari sono stati rilevati. Ha fornito una spiegazione, oggi la più accettata, per il deficit di neutrini solari che si riscontra tra le previsioni teoriche e i rilevamenti.
3. Le «oscillazioni» dei neutrini
Tra il 1957 e il 1967, infine, Pontecorvo elabora la teoria, forse, più affascinante, quella del mescolamento leptonico. Dalla teoria consegue che, per un fenomeno di interferenza, i diversi tipi di neutrini possano «oscillare», cioè trasformarsi gli uni negli altri. Se i neutrini oscillano, sostiene Pontecorvo, devono avere anche una massa, sia pure piccolissima.